Je ne sais pas quelle version tu utilises, mais dans la version 5 (et dans la 4 aussi il me semble), tu vas dans le mixer. Tu choisis une tranche vierge, (si tu rajoutes des effets sur la tranche, ils seront appliqués sur l'enregistrement). En bas du mixer, tu cliques d'une part sur "In" et tu sélectionnes l'entrée de ta carte-son, puis à droite sur la diskette pour choisir la destination de l'enregistrement (sinon, il le met par défaut dans le dossier FLStudio/Data/Patches/Recorded)
Tu cliques sur le bouton avec un petit rond en haut (à côté du tempo), et roulez jeunesse.
Du côté des petites icônes, les "321" rajoute une mesure de précompte.
L'ergonomie est pas top, car Fruity n'est pas a priori conçu pour ça, mais ça dépanne bien, et c'est sûrement plus pratique que de passer par Audacity.