Un manche traversant offre une "poutre" du chevalet au sillet sans discontinuité (enfin si les collages des parties longitudinales du manche sont bien faits), donc théoriquement plus de richesse sonore car le manche est "homogène" (si on fait abstraction des fameux collages).
Pour les manches vissés, l'ajustement, même bien fait, filtre naturellement des harmoniques à cause des vides laissés selon le contour. De plus effectivement le sustain en pâtit. En revanche, les vis (en métal, donc bcp plus raides et massives que le bois) passant du manche au corps transmettent une excitation dans des orientations différentes, et peuvent ainsi créer des nuances sonores différentes, ...
Je dirais en résumant que le corps a assez peu d'importance sur une NT (neck-thru/through), car il ne s'agit que d'ailettes collées sur les cotés en général. Le corps, et l'ajustement corps/manche, ont beaucoup plus d'importance, comme on peut l'imaginer, sur une BO (Bolt-On). Car c'est cette pièce de jonction entre manche et chevalet qui va permettre l'entretien ou l'amorti de la vibration de l'ensemble (d'où la perte de sustain éventuellement).
Mais tout ça est très schématique, car ça dépend aussi des essences de bois qui peuvent être +/- raides, massives, amortissantes, etc... de la qualité des collages, ajustement, truss-rod, etc... sans oublier des éléments essenciels: les cordes, les micros (y compris leur position) et l'électronique!
Quant au confort: j'ai jamais remarqué de différences entre une configuration ou l'autre.
Bref, on ne peut pas édicter de règle absolue, mais à matières égales, et qualité de fabrication comparable, il est de coutume de dire que le manche conducteur offre plus de sustain et de moelleux, alors que le manche vissé plus d'attaque. Ce n'est pas idiot de le penser.
EDIT: Putain, avce ce post je devrais raffler au moins 70 points si le comptage était juste!