A mon avis, les harmoniques (ou leur absence) sont surtout liées à la lutherie.
L'ampli n'y est pour rien.
Je ne pense pas que les micros y soient pour grand chose non plus.
Tu peux tester les harmoniques sans brancher ta basse.
NB : si les cordes sont mortes, ça n'aide pas à afaire sortir les harmoniques.
Question bête : es-tu certain de bien jouer les harmoniques ? Pour le vérifier, testes d'autres basses et vois si ça rend pareil.